例えば、input.js というスクリプトを mongo シェルで実行するには以下のようにします。
ここでは、mydb という名前のデータベースの books コレクションに、テスト用のドキュメントを追加しています。
$ mongo mydb input.js
db.books.insert({title: 'Title 1'});
db.books.insert({title: 'Title 2'});
db.books.insert({title: 'Title 3'});ドキュメントには書いてありませんが、標準入力から読み込ませることもできるようです。
この方法を使うと、mongo コマンドのオプションのフォーマット的に、データベース名を省略してスクリプトファイル名を指定できるようになるので、スクリプトの中でデータベースを切り替えることができます。
$ mongo < input2.js
$ mongo --port 40001 < input2.js
$ mongo localhost:40001 < input2.js
use testdb;
db.books.insert({title: 'Title 1', tags: ['AAA', 'BBB']});
db.books.insert({title: 'Title 2', tags: ['BBB', 'CCC']});
db.books.insert({title: 'Title 3', tags: ['CCC', 'AAA']});