cdk init app --language typescript で CDK アプリのひな型を生成すると、デフォルトではパッケージマネージャーとして NPM を使う想定になっています（package-lock.json などが作成されます）。
NPM の代わりに Yarn を使いたい場合は、次のように package-lock.json を削除して、yarn.lock ファイルを生成します。
$ git rm package-lock.json
$ yarn install
生成された yarn.lock は忘れずに Git へコミットしてください。
ちなみに、package-lock.json が残っている状態で yarn install しようとすると、次のような感じの Warning が表示されます。
warning package-lock.json found. Your project contains lock files generated by tools other than Yarn. It is advised not to mix package managers in order to avoid resolution inconsistencies caused by unsynchronized lock files. To clear this warning, remove package-lock.json.
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