（Windows の場合は、WinSCP をコマンドラインで利用すると同じようなことを実現できます）。
rsync でディレクトリごとコピーする
rsync コマンドを使って、src ディレクトリの内容を dst ディレクトリにコピーするには下記のように実行します。
$ rsync -av src/ dst # src ディレクトリの「中身」を dst ディレクトリ内へコピー
$ rsync -av src dst # src ディレクトリを dst ディレクトリ内へコピー-a オプションは、パーミッションやタイムスタンプなどの情報を維持しつつ、ディレクトリを再帰的にコピーする指定をまとめて行うための archive オプションです。
-v オプションは転送情報などを出力する verbose オプションです。
上記例のように、ソースディレクトリの 最後にスラッシュをつけるかつけないかで意味が変わってくる ので注意してください。
2番目のように実行すると、結果として ./dst/src というディレクトリが作成されることになります。
コピー元にないファイルを削除する (--delete)
rsync コマンドはデフォルトでは、コピー先ディレクトリのファイルを削除することはありません。
コピー元 (src) に存在しないファイルを、コピー先 (dst) から削除したいときは、明示的に --delete オプションを付けて実行します。
つまり、2つのディレクトリを同じ内容にしたい（同期したい）のであれば、--delete オプションを付けて実行する必要があります。
$ rsync -av --delete src/ dst指定した拡張子のファイルだけコピーする (--include)
特定の種類のファイル（png ファイルなど）だけをコピーしたいときは、--include オプションと --exclude を組み合わせて以下のような感じで指定します。
$ rsync -av --include='*.png' --include='*/' --exclude='*' src/ dstこの指定方法は少しわかりにくいので、実際にファイルコピーする前に、-n (--dry-run) オプションを付けて実行して、どのようなファイルがコピーされるのかを確認するとよいです。
rsync でリモートホストへディレクトリをコピーする
rsync コマンドは、リモートホストへのファイルコピーにも対応しています（デフォルトで SSH によるファイルコピーが行われます）。
リモートへのファイルコピーを指示したいときは、ターゲットディレクトリの部分を user@hostname:directory というフォーマットで指定します。
ディレクトリ名の部分を省略すると、指定したユーザ (user) のホームディレクトリがコピー先ディレクトリとして使用されます（この場合も、コロン : は省略できません）。
$ rsync -rv --delete src user@example.com:上記のようにすると、ローカルディレクトリ (src) の中のファイルが、リモートホスト (example.com) のユーザ (user) のホームディレクトリにコピーされます。
末尾のコロン (:) を忘れないように注意してください。
これを忘れると、ローカルに user@example.com という名前のディレクトリができてしまいます。
$ rsync -rv --delete src/ user@example.com:dst上記のようにすると、ローカルの src ディレクトリの中身が、リモートの dst ディレクトリにコピーされます。
src の後ろにバックスラッシュ (/) を忘れないように注意してください。
これを忘れると、リモートの dst ディレクトリの下に src ディレクトリができてしまいます。
$ rsync -rv --delete src1 src2 src3 user@example.com:dst上記のようにすると、ローカルの src1、src2、src3 ディレクトリを、リモートの ~/dst ディレクトリへコピーします。
コピー元のディレクトリ名の末尾にスラッシュ (/) を付けずに実行しているので、リモートの ~/dst ディレクトリ内に src1、src2、src3 ディレクトリがそれぞれ作成されます（ディレクトリ内のファイルがコピーされるのではなく、ディレクトリごとコピーされる）。
rsync で SSH 鍵を使ってリモートホストに接続する
リモートホスト側の ~/.ssh/authorized_keys に、ローカルホストの SSH 公開鍵を登録しておけば、rsync コマンドでも SSH 鍵による公開鍵認証方式で接続できるようになります。
rsync コマンドの実行方法は、パスワード認証の場合と変わりませんが、代わりに SSH 秘密鍵のパスワード入力プロンプトが表示されます。
秘密鍵にパスワードを設定していない場合は、パスワードの入力なしで rsync が実行されます。
$ rsync -rv --delete src/ user@example.com:dst
Enter passphrase for key '/Users/maku/.ssh/id_rsa': ********
使用する SSH 鍵（秘密鍵）を指定したいときは、次のように -e オプションを使います。
$ rsync -e 'ssh -i ~/.ssh/id_rsa_xxx' -rv --delete src/ user@example.com:dst
シンボリックリンク先の実体をコピーする（-L オプション）
例えば、次のように他のディレクトリへのシンボリックリンクを含む ~/src 以下のファイル群を ~/dst 以下に同期させたいとします。
~/src
+-- sample.txt
+-- data/ （~/real-data ディレクトリへのシンボリックリンク）~/src/data というシンボリックリンクは、例えば ln -s ~/real-data ~/src/data のように作成したもので、実体となる ~/real-data ディレクトリの内容は次のような内容になっています。
~/real-data
+-- images/
+-- a.png
+-- b.png
+-- c.pngこのような構成で ~/src ディレクトリ以下の内容を ~/dst ディレクトリ以下にシンクしてみます（src 自身をコピーしないために src/ のように末尾にスラッシュを忘れずに）。
$ rsync -a ~/src/ ~/dstすると、デフォルトでは、~/dst の下にシンボリックリンクファイル (data) がそのままコピーされます。
$ ls -Fl ~/src
...省略... data@ -> /Users/maku/real-data
...省略... sample.txtそうではなくて、リンク先のファイル群の実体をコピーしたいときは、rsync の -L (--copy-links) オプション (transform symlink into referent file/dir) を指定します。
$ rsync -aL ~/src/ ~/dstこれで、~/dst/data はシンボリックリンクではなく、~/real-data 以下の内容がすべてコピーされたディレクトリになります。
$ ls -Fl ~/dst
...省略... data/ （通常のディレクトリで、a.png などが含まれている）
...省略... sample.txt