（Windows の場合は、WinSCP をコマンドラインで利用すると同じようなことを実現できます）。
rsync でディレクトリごとコピーする
rsync コマンドを使って、src ディレクトリの内容を dst ディレクトリにコピーするには下記のように実行します。
$ rsync -av src/ dst # src ディレクトリの「中身」を dst ディレクトリ内へコピー
$ rsync -av src dst # src ディレクトリを dst ディレクトリ内へコピー-a オプションは、パーミッションやタイムスタンプなどの情報を維持しつつ、ディレクトリを再帰的にコピーする指定をまとめて行うための archive オプションです。
-v オプションは転送情報などを出力する verbose オプション。
上記例のように、ソースディレクトリの最後にスラッシュをつけるかつけないかで意味が変わってくるので注意してください。
2番目のように実行すると、結果として ./dst/src というディレクトリが作成されることになります。
rsync コマンドはデフォルトでは、コピー先ディレクトリのファイルを削除することはありません。
コピー元 (src) に存在しないファイルを、コピー先 (dst) から削除したいときは、明示的に --delete オプションを付けて実行します。
つまり、2つのディレクトリを同じ内容にしたい（同期したい）のであれば、--delete オプションを付けて実行する必要があります。
$ rsync -av --delete src/ dstrsync でリモートホストへディレクトリをコピーする
rsync コマンドは、リモートホストへのファイルコピーにも対応しています（デフォルトで SSH によるファイルコピーが行われます）。
リモートへのファイルコピーを指示したいときは、ターゲットディレクトリの部分を user@hostname:directory というフォーマットで指定します。
ディレクトリ名の部分を省略すると、指定したユーザ (user) のホームディレクトリがコピー先ディレクトリとして使用されます（この場合も、コロン : は省略できません）。
$ rsync -rv --delete src user@example.com:上記のようにすると、ローカルディレクトリ (src) の中のファイルが、リモートホスト (example.com) のユーザ (user) のホームディレクトリにコピーされます。
末尾のコロン (:) を忘れないように注意してください。
これを忘れると、ローカルに user@example.com という名前のディレクトリができてしまいます。
$ rsync -rv --delete src/ user@example.com:dst上記のようにすると、ローカルの src ディレクトリの中身が、リモートの dst ディレクトリにコピーされます。
src の後ろにバックスラッシュ (/) を忘れないように注意してください。
これを忘れると、リモートの dst ディレクトリの下に src ディレクトリができてしまいます。
$ rsync -rv --delete src1 src2 src3 user@example.com:dst上記のようにすると、ローカルの src1、src2、src3 ディレクトリを、リモートの ~/dst ディレクトリへコピーします。
コピー元のディレクトリ名の末尾にスラッシュ (/) を付けずに実行しているので、リモートの ~/dst ディレクトリ内に src1、src2、src3 ディレクトリがそれぞれ作成されます（ディレクトリ内のファイルがコピーされるのではなく、ディレクトリごとコピーされる）。