nginx の設定ファイルは、/etc/nginx/nginx.conf です。
ソースからビルドする場合は、./configure の実行時にパスを指定できます。
この設定ファイルの中で、以下のように include ディレクティブが指定されているため、/etc/nginx/conf.d/ ディレクトリ内にある個別の設定ファイル (*.conf) も読み込まれるようになっています。
http {
...
include /etc/nginx/conf.d/*.conf;
}バーチャルホスト機能を利用して複数ドメインのサーバを運用するようなケースでは、ドメインごとに設定ファイルを分けておくと管理しやすいでしょう。
例えば、example.com ドメインのサーバ用には /etc/nginx/conf.d/example.com.conf を作成します。